A descoberta de peixes fossilizados no estômago de um pterodonte mostra que eram piscívoros e provavelmente habitantes das zonas oceânicas. O tamanho das suas asas sugere que o pterodonte, em vez de bater as asas frequentemente, voasse por deslizamento aproveitando as plumas térmicas, como os albatrozes atuais.[2] Uma das características mais marcantes dos pterodontes é a crista que tinham na cabeça. As funções desta estrutura são desconhecidas, mas foram sugeridas duas hipóteses: para uso tipo lastro ou em rituais de acasalamento.[3]
O Pteranodon mergulhava ao mar para apanhar peixes, como algumas aves marinhas fazem. Provavelmente, ao mergulhar, alguns eram pegos por Elasmosaurus, Mosasaurus ou Plesiosaurus.
As diferentes espécies do género Pteranodon distinguem-se pela forma e tamanho da crista.[3]